目前根据形态学来诊断子宫内膜癌。根据Bokhman，有两种类型。I型肿瘤是与雌激素相关的低级别恶性肿瘤，通常在临床上表现为惰性的子宫内膜样癌。II型肿瘤是非子宫内膜样的浸润性癌，与雌激素刺激无关，包括浆液性和透明细胞癌。尽管出于教育和流行病学的目的，感觉I型与II型分类很有价值，但是对于肿瘤分层没有用，因为在临床、病理和分子水平上存在重叠特征。在大多数情况下，特别是在低级别肿瘤中，子宫内膜癌的显微镜形态特征重复性较好，但是在一部分高级别癌中，可重复性较差，部分肿瘤分子特征会有重叠。癌症基因组图谱（TCGA）结合基因组表型，确定了四类癌症：第1组，具有POLE突变的癌预后良好；第2组，微卫星不稳定，中等预后；第3组，低拷贝数改变，中间预后；第4组肿具有高拷贝数改变和TP53突变（请参阅＃）与预后差相关。多个委员会尝试使用免疫组化和POLE突变分析替代TCGA。目前显示这种新方法对于评估3级子宫内膜样癌的预后有很好的作用，并且在其他类型的子宫内膜癌中也可能有帮助。微观特征与分子特征的整合是对患者危险分层以及预测预后的最佳方法。WHO的新分类包括新的肿瘤类型，例如中肾样腺癌和胃型粘液样癌。
分子的发展影响了混合性上皮和间叶肿瘤的分类，以及子宫纯间叶肿瘤的分类。许多证据表明，癌肉瘤实际上是一种高级别浸润性的子宫内膜癌，其中肿瘤细胞表达上皮-间叶转化特征。因此，在最新的WHO分类中，癌肉瘤被视为一种子宫内膜癌，而不是混合的上皮和间叶肿瘤。在子宫内膜间叶性肿瘤的部分，已检测出许多融合基因，从而改变了肿瘤的分类，我们可以根据特定分子相关的形态学和免疫组化特征明确诊断出高级别子宫内膜间叶性肿瘤的亚型。分子结合形态的使用，导致子宫未分化肉瘤的诊断减少，所以子宫未分化肉瘤可能在不久的将来即将消失的肿瘤分类。
腺纤维瘤的存在仍存在争议，其鉴别诊断包括良性子宫内膜或宫颈息肉（局灶性叶状结构，周围腺体间质细胞增多），和间质核分裂计数低的腺肉瘤。这些病变比腺纤维瘤更为常见，因此应谨慎诊断腺纤维瘤。
间叶性肿瘤是子宫体中第二大最常见的肿瘤类别，但近年来，子宫体间叶性肿瘤大爆发。迄今为止，平滑肌肿瘤是间叶性肿瘤最常见的亚型。在平滑肌肿瘤中，重要描述的是伴有富马酸水合（延胡索酸）酶缺乏的平滑肌瘤，它可以看作是遗传性平滑肌瘤病和肾细胞癌综合征的一部分，并具有相对特殊的形态特征，在必要的情况下应对家族进行筛查。尽管良性和恶性平滑肌肿瘤的鉴别诊断仍基于形态学标准（与软组织肿瘤所用的形态学标准不同），MED12在许多良性平滑肌肿瘤中均发生突变，而平滑肌肉瘤在TP53、ATRX和MED12中具有突变。上皮样和粘液样平滑肌肉瘤分别在PGR和PLAG1中特定异位。包括ZC3H7B-BCOR和BCOR内部串联复制（ITD）新型肿瘤，其形态学与粘液样平滑肌肉瘤重叠。在不久的将来，未分化子宫肉瘤可能会随着分子和形态学的研究整合而消失。本章将讨论血管周上皮样细胞瘤（PEComa）和炎性肌纤维母细胞肿瘤。子宫PEComas可能与结节性硬化症和淋巴管平滑肌瘤病有关，尽管它们的形态与其他部位所描述的形态相似，但已证明子宫部位PEComa的恶性诊断标准与其他部位不同，形态上显示透明细胞和TFE3融合和缺乏TSC突变。炎性肌纤维母细胞性肿瘤最近也在子宫中被报道，在这个部位，最常见的鉴别诊断是平滑肌瘤，因为平滑肌瘤更常见。由于炎性肌纤维母细胞性肿瘤也发生在其他部位，可以通过ALK免疫组化和ALK重排诊断。其他间叶性肿瘤，包括横纹肌肉瘤，将在下生殖道间叶性肿瘤部分中讨论，因为横纹肌肉瘤在该部位更常见，还有其他罕见的肿瘤，将在杂类中介绍。
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